教学大纲

1. 计算机操作系统简介

• 1.1 计算机发展历史
• 1.2 计算机操作系统种类：Unix操作系统，Windows操作系统，MacOS操作系统，Linux操作系统
• 1.3 基于Windows的Linux虚拟机
• 1.4 基于Windows的Linux子系统
• 1.5 基于Windows的PowerShell命令行操作方式

2. Linux文件系统和进程管理

• 2.1 文件和目录
• 2.2 系统文件和用户文件
• 2.3 隐藏文件和配置文件
• 2.4 环境变量和目录路径
• 2.5 文件和目录权限
• 2.6 作业和进程
• 2.7 进程查看
• 2.8 进程终止
• 2.9 普通用户和超级用户

3. 常用Linux命令

• 3.1 远程登录和文件传输：ssh 和sftp
• 3.2 文件目录操作命令
• 3.3 文本文件处理命令
• 3.4 进程作业管理命令
• 3.5 专用字符
• 3.6 多路复用tmax
• 3.7 流编辑器sed
• 3.8 复合命令awk

4. 软件安装

• 4.1 软件下载安装一般方法
• 4.2 专用软件安装系统miniconda
• 4.3 软件版本控制系统git
• 4.4 软件共享平台GitHub

5. 文本编辑系统vim

6. 编程简介

• 6.1 编程软件简介
• 6.2 shell编程
• 6.3 PHP编程
• 6.4 perl编程
• 6.5 python编程

7. EMBOSS软件包

• 7.1 EMBOSS软件包简介
• 7.2 计分矩阵和空位罚分
• 7.3 整体比对和局部比对
• 7.4 序列格式转换程序
• 7.5 序列特征提取程序
• 7.6 点阵图分析程序
• 7.7 多序列比对程序
• 7.8 核酸序列分析应用实例
• 7.9 蛋白质序列分析应用实例

8. Blast数据库搜索系统

• 8.1 数据库相似性搜索基本概念
• 8.2 Blast数据库相似性搜索基本思路
• 8.3 Blast软件包下载和安装
• 8.4 Blast数据库下载和格式化
• 8.5 Blast基本操作
• 8.6 Blast参数设置
• 8.7 BLAST搜索实例

9. 隐马氏模型序列分析软件HMMER

• 9.1 序列谱简介
• 9.2 HMMER软件包下载和安装
• 9.3 HMMER软件包应用实例

10. 蛋白质家族和结构域分析软件InterProScan

• 10.1 InterPro数据库
• 10.2 InterProScan软件包简介
• 10.3 InterProScan下载和安装
• 10.4 InterProScan应用实例

11. 综合课题

• 11.1 VS Code网站开发实例
• 11.2 MySQL数据库构建实例
• 11.3 转录组数据RNA-Seq分析实例

12. 课程总结交流

• 12.1 期末小组交流报告1
• 12.2 期末小组交流报告2