转录组数据分析简介

参考资料

1. 转录组分析流程图 [PDF]
2. 转录组RNA-Seq基础 [PDF]
3. LEB22第2组分析流程 [PDF]
4. LEB22第2组期末总结 [PDF]
5. LEB22李帅RNA-Seq总结 [PDF]

上游分析流程

1. 在用户根目录隐藏文件.profile中增加public/RNA-Seq/programs/环境变量，以便执行该目录中的程序fastp, hisat和featureounts程序
2. 创建子目录lec11，以下操作均在子目录lec11中进行
3. 创建public/RNA-Seq/data/目录下数据链接：sce_2h_1.fastq, GCA_000146045.2_R64_genomic.fna, sce_index和genomic.gtf
4. 运行fastp程序：fastp -i sce_2h_1.fastq -o sce_2h_1.trim.fastq -h sce_2h_1.html
5. 查看fastp输出HTML文件sce_2h_1.html
6. 运行hisat程序：hisat -x sce_index -U sce_2h_1.trim.fastq -S sce_2h_1.sam
7. 运行featureCounts程序：featureCounts -t exon -g gene_id -a genomic.gtf -o sce_count.txt sce_2h_1.sam sce_2h_2.sam sce_36h_1.sam sce_36h_2.sam
8. 查看featureCount输出文件sce_count.txt

相关网站

• 知乎网站
• 酵母单细胞测序论文Single‐cell RNA‐seq reveals early heterogeneity during aging in yeast PubMed [PDF]
• 转录组数据下载 NCBI
• 基因组数据下载网 NCBI
• 软件fastp下载 GitHub
  fastp文献fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor PubMed
• 软件hisat2 GitHub
  hisat2文献Graph-based genome alignment and genotyping with HISAT2 and HISAT-genotype PubMed
• 软件subread GitHub