第6讲 BLAST应用实例
实例1：人的血红蛋白alpha和beta亚基比对
- 目的：了解BLAST算法的基本原理和步骤
- 用法：blastp -query HBA_HUMAN.FASTA -subject HBB_HUMAN.FASTA -out HBA-HBB.out
- 结果：分值114, 期望值2e-38，相同位点43%，相似位点61%，空位三处6%
实例2：拟南芥和水稻SPL转录因子比较
- 目的：找出拟南芥17个SPL和水稻19个SPL转录因子中的同源基因
- 用法：blastp -query 17SPL_ARATH.FASTA -subject 19SPL_ORYSJ.FASTA -out SPL.out -outfmt 7
- 结果：SPL7_ARATH与SPL9_ORYSJ为同源基因
实例3：764个玉米转录因子蛋白质序列及其编码序列数据库构建索引和搜索方法
- 目的：掌握构建数据库索引的基本方法，了解四种通用BLAST程序的基本用法
- 构建数据库索引方法
- makeblastdb -in ZMTF_CDS.FASTA dbtype nucl
- makeblastdb -in ZMTF_PEP.FASTA dbtype prot
- 数据库搜索命令
- 蛋白质序列搜索蛋白质序列数据库：blastp -query AtSPL3_PEP.FASTA -db ZMTF_PEP.FASTA -evalue 0.1 -out blastp
- 核酸序列搜索核酸序列数据库：blastn -query AtSPL3_CDS.FASTA -db ZMTF_CSDS.FASTA -evalue 0.1 -out blastn
- 核酸序列搜索蛋白质序列数据库：blastx -query AtSPL3_CDS.FASTA -db ZMTF_PEP.FASTA -evalue 0.1 -out blastx <>蛋白质序列搜索核酸序列数据库：tblastn -query AtSPL3_PEP.FASTA -db ZMTF_CDS.FASTA -evalue 0.1 -out tblastn
- 结果分析：blastp可以搜索到4个序列，而blastn搜索不到，blastx和tblastn结果与blastp相同
实例4：
实例5：
参考文献
- 罗静初，序列数据库搜索系统BLAST简介 (知网首发)