第5讲 EMBOSS软件包应用实例

简介

欧洲分子生物学开放软件包(European Molecular Biology Open Software Suite, EMBOSS)是欧洲分子生物学网络组织(European Molecular Biology Network, EMBnet) 于上世纪九十年代末启动的以欧洲国家为主的国际合作项目，是生物信息学领域中较早投入使用的大型开源软件包。 (EMBOSS主页)

运行模式

1. Linux平台命令行模式：下载安装EMBOSS软件包 EMBOSS软件包下载)
2. Windows系统本地运行模式：下载安装mEMBOSS软件包 mEMBOSS软件包下载
3. 浏览器模式
   • 欧洲生物信息学研究所EMBOSS工具 (EBI)
   • 国家生物信息中心序列分析平台 (BIT)
   • 北京大学生物信息中心网上实验室 (WebLab)

帮助程序

1. wossname (what is the name) 例wossname dotplot列出所有点阵图程序
2. TFM (the file manual) 例tfm dottup显示程序dottup的帮助文档
3. seealso (see also) 例seealso dottup列出其它点阵图程序

序列处理

1. 格式转换程序seqre
2. 序列提取程序coderet
3. 序列提取程序extractfeat
4. 序列变换程序
• 反向互补序列生成程序reveseq
• 随机序列生成程序shuffleseq
• 突变序列产生程序msbar
5. 序列显示程序
• infoseq
• showseq
• showfeat

序列比对程序

1. 双序列全局比对程序needle
2. 双序列局部比对程序water
3. 多序列全局比对程序emma
4. 多序列局部比对程序edialign

点阵图程序

1. dotmatcher
2. dottup
3. dotpath
4. polydot

核酸序列分析程序

1. 组分统计程序compseq
2. GC含量分析程序freak
3. 开放读码框分析程序
   • plotorf
   • showorf
   • getorf
   • sixpack
4. CpG岛识别程序cpgplot
5. CG双核苷酸统计程序cpgreport
6. 密码子出现频率统计程序cusp
7. 有效密码子统计程序chips
8. 串联重复序列查找程序etandem
9. 倒转重复序列查找程序palindrome

蛋白质序列分析程序

1. 氨基酸组分分析
   • 不同性质氨基酸含量分析程序pepstats
   • 不同氨基酸分布显示程序pepinfor
   • 不同氨基酸含统计程序wordcount
   • 不同氨基酸组分分析程序compseq
2. 序列特征位点识别
   • 抗原决定簇预测程序antigenic
   • 信号肽识别程序sigcleave
   • 酶切位点分析程序digest
   • 序列模体分析程序fuzzprot
3. 二级结构分析
   • 跨膜螺旋预测程序tmap
   • 跨膜螺旋拓扑结构显示程序topo
   • alpha螺旋轮显示程序pepwheel
   • 无规卷曲预测程序pepcoil
   • 螺旋回折螺旋预测程序helixturnhelix
   • 二级结构预测程序garnier

参考文献

1. 罗静初，EMBOSS 软件包序列分析程序应用实例，《生物信息学》，2021年，第19卷，第1期，第1-25页. (下载地址)
2. 罗静初，EMBOSS和EMBnet，《生物信息学》，2021年，第19卷，第4期，第223-231页. (下载地址）
3. 罗静初，双序列比对基础和应用实例，《生物信息学》，2023 年，第21卷，第1期，第1-19页. （下载地址）

输入数据

输出结果