Linux-based Essential Bioinformatics
Linux生物信息技术基础
北京大学本研合上课

文本文件操作命令


cat命令

  1. cat >cat1 创建文本文件cat1
  2. cat cat1 显示文本文件cat1的内容
  3. cat >>cat1 在cat1末尾追加新的文本
  4. cat –n table.txt 显示文本文件table.txt的内容,并显示行号
  5. cat –A table.txt 显示文本文件table.txt的内容,包括制表键^I、行终止符$等控制符

less命令

  1. less 209HBA.FASTA 逐屏显示209HBA.FASTA,回车进一行,空格进一页,q终止显示,斜杠(/)搜索字符串,n搜索下一个,N搜索上一个
  2. ls –lR | less 逐屏显示当前目录下所有子目录和文件详细信息
  3. ls -l /usr/local/bin | less 逐屏显示/usr/local/bin/下所有文件信息,可用斜杠搜索关键词,如needle

head命令

  1. head 209HBA.txt 显示文件209HBA.txt中前10行
  2. head -n 3 table1.txt 显示文件table1.txt前3行
  3. head -n -3 table1.tx 显示文件table1.txt除最后3行外的其它行

tail命令

  1. tail 209HBA.txt 显示文件209HBA.txt中最后10行
  2. tail -n -3 table4.txt 显示文件table1.txt最后3行
  3. tail -n +3 table4.txt 从第3行开始显示文件table4.txt中所有行

cut命令

  1. cut –d ‘ ‘ –f 3-4 table.txt 提取table.txt中以空格符分割的第3-4个字段
  2. cut –f 2 table.xls 提取table.xlst中第2个字段(以制表符分割)
  3. cut –f 2-4 table1 提取table1中第2-4个字段
  4. cut –f 2,4 table2 提取table2中第2和第4个字段
  5. cut –c 3-6 table2 提取table2中第3-6个字符
  6. cut -f 1-2 leb25g >g1

paste

  1. paste table1.txt table2.txt 逐行合并table1.txt和table2.txt
  2. paste table1.txt table2.txt >table12逐行合并table1.txt和table2.txt并创建文件table12
  3. cat table2.txt | paste - 将table2.txt中每两行合并到一行显示
  4. paste g1 g2 g3 >g.txt

sort命令

uniq命令

grep命令

sed命令

find命令

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