文件目录操作命令
ls命令
- ls 显示当前目录下子目录和文件名
- ls –l 显示当前目录下子目录和文件名详细信息,包括属性、权限、大小和创建日期等
- ls *.FAST 显示当前目录下所有以.FASTA结尾的文件
- ls HBA/HBA_* 显示子目录HBA下所有以HBA_起始的文件
- ls /tmp 显示系统/tmp目录所有子目录和文件
- ls –l 逐级显示当前目录下所有子目录和文件详细信息
- ls –a ~/ 显示用户根目录下以句点起始的隐藏目录和隐藏文件
mkdir
- mkdir 1st 在当前目录下创建1st子目录
- mkdir 1st/HBA 在子目录1st下创建二级子目录HBA
- mkdir –p seq/HBA 在当前目录下创建seq子目录,并在子目录seq下创建二级子目录HBA
- mkdir –p ../a/b/c 在上级目录下创建目录a,在目录a下创建子目录b,在子目 录b下创建子目录c
cd
- cd 0226 进入0226子目录
- cd 回到用户根目录
- cd 0226/HBA 直接进入子目录0226下的二级子目录HBA
- cd .. 返回上级目录
- cd - 返回进入本目录前的目录
cp
- cp cat1 cat2 将文件cat1复制到文件cat2中
- cp -i cat1 cat2 将文件cat1复制到文件cat2中,若cat2已存在,系统显示是否覆盖提示信息,回答y则覆盖,回答n则操作无效
- cp *.FASTA ../keep/ 将当前目录下后缀为.FASTA的文件复制到上级目录的keep子目录中
- cp ../seq/HSHBA_cds.FASTA 将上级目录seq子目录中文件HSHBA_CDS.FASTA复制到当前目录中
- cp /rd1/home/public/HBA/209HBA.FASTA . 将/rd1/home/public/HBA/目录中209HBA.FASTA复制到当前目录
mv
- mv cat1 ca2 将文件cat1改名为cat2
- mv –i cat1 cat2 将文件cat1改名为cat2,若cat2已存在,系统显示是否覆盖提示信息,回答y则覆盖,回答n则操作无效
- mv *.neele ../keep/ 将当前目录下后缀为.needle的文件移动到上级目录的keep子目录中
- mv HBA_HUMAN.FASTA align/HBA/ 将HBA_HUMAN.FASTA移到子目录align下的子目录HBA中
rm
- rm cat1 删除文件cat1
- cat? 删除以cat起始且cat后仅含1个字符的文件,如cat1, cat2,不删除cat1a rm –i cat* 删除以cat起始的文件,每删除一个文件,系统提示是否确认删除,回答y确认,回答n操作无效M
- rm –ri temp/* 删除子目录temp及该子目录每删除一个文件,系统提示是否确认删除,回答y确认,回答n操作无效
ln
- ln HBA_HUMAN.FASTA P69905.FASTA 建立HBA_HUMAN.FASTA的链接P69905.FASTA
- ln –s Xshell-6.0.0189p.exe xs.exe 建立Xshell-6.0.0189p.exe的软链接xs.exe,相当于为Xshell-6.0.0189p.exe设置快捷方式xs.exe
- ln –s ../liu-y_thesis.pdf . 建立上级目录中liu-y_thesis.pdf的软链接
file
- file readme.txt 查看文件readme.txt的类型,通常readme及后缀为.txt的文件是文本文件,可以用cat, less等命令查看
- file dottup.svg 查看dottup程序生成的序列比对点阵图文件
- file ZMTF_PEP.FASTA.* 查看BLAST索引文件的类型,本地BLAST运行前,需要将FASTA格式的文本文件建立索引, 索引文件为二进制格式,无法用cat, less等命令查看