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课外练习4:BLAST数据库搜索
1. 血红蛋白alpha亚基(HBA_HUMAN)为检测序列,搜索Swiss-Prot数据库,找出灵长目动物(Primates)中所有alpha珠蛋白(alpha globin),说明搜索策略,分析搜索结果。利用结果过滤(Filter Results)功能,找出黑猩猩(Chimpanzee)中同源蛋白,分析结果。利用结果过滤(Filter Results)功能,找出相同位点高于95%的物种,用Excel电子表保存结果。
2. 以人血红蛋白alpha亚基(HBA_HUMAN)为检测序列,用BlastP搜索Swiss-Prot数据库,设置种子序列字长(Word size)和计分矩阵(Scoring matrix),找出人珠蛋白家族12个成员,说明字长和计分矩阵对搜索结果的影响。
3. 以人血红蛋白alpha亚基(HBA_HUMAN)为检测序列,用位点特异迭代法PSI-Blast搜索Swiss-Prot数据库,找出人珠蛋白家族12个成员,说明PSI-Blast的基本工作原理。
4. 以人血红蛋白alpha亚基(HBA_HUMAN)为检测序列,用tBlastN搜索RefSeq数据库中人珠蛋白家族mRNA序列,提取其编码区序列,进行多序列比对,分析结果。
5. 以人癌胚抗原CEA21_HUMAN的恒定结构域Ig-like C2-type (147-231)与CEAM5_HUMA进行双序列比对,分析比对结果,说明Blast与EMBOSS软件包中程序water运行结果的差别。
6. 以蛋白名“Squamosa Promoter-binding-like protein”检索UniProt数据库,下载17个拟南芥和19个粳稻(分类学登录号39947)SPL转录因子,利用Blast比较两组数据,找出水稻中与拟南芥中SPL7_ARATH最可能的直系同源基因。
7. 以拟南芥转录因子SPL3蛋白质序列为检索序列,用BlastP搜索玉米转录因子蛋白质,用BlastN搜索玉米转录因子编码区序列,分析结果。