实例3 — 玉米SBP转录因子数据库构建和搜索

研究背景

1. 构建764个预测所得玉米转录因子数据库，搜索拟南芥SPL3_ARATH相似序列

参考文献和网站

1. SBP转录因子家族分析课题： ABC Project
2. 植物转录因子数据库： SBP Family

数据来源

1. 从ABC SBP Project网站下载764个玉米转录因子蛋白质序列数据集 ZMTF_PEP.FAS 保存到TBtools_Example\SBP文件夹中
2. 从ABC SBP Project网站下载拟南芥SPL3转录因子蛋白质序列 SPL3_PEP.FAS 保存到TBtools_Example\SBP文件夹中

操作步骤

1. 打开TBtools，在工具选择菜单中选择BLAST，在BLAST图形用户界面封装程序BLAST GUI Wrapper中选择BLAST Zone
2. 点击BLAST Zone用户界面左侧数据库Database窗口下方添加数据库按钮"+"，在弹出窗口中选择数据集ZMTF_PEP.FAS，在数据库名称输入框中输入ZMTF_PEP，点击OK，数据库构建完毕
3. 将SPL_PEP拖入右侧搜索序列输入框，将输出格式Outfmt改为表格Table
4. 在输出文件选择框中设定比对结果存放文件夹和文件名TBtool_Example\SBP\Out\BlastP.txt
5. 点击开始Start按钮，用FireFox浏览器查看比对结果，查看764个玉米转录因子数据集中4个拟南芥SPL3_PEP相似序列 BlastP.txt

结果分析

1. 与NCBI/CNCB BLAST比较，TBtools自建本地数据库的操作方法和特点