实例2 — 拟南芥和水稻SBP转录因子家族成员比对

研究背景

1. 研究目的 — 找出拟南芥SPL7_ARATH与粳稻中的直系同源基因

参考文献和网站

1. SBP转录因子家族分析 — ABC Project

数据来源

1. 从ABC SBP Project网站下载 17AT_SPL.FAS 保存到TBtools_Example\SBP文件夹中
2. 从ABC SBP Project网站下载 19OJ_SPL.FAS 保存到TBtools_Example\SBP文件夹中

操作步骤

1. 打开TBtools，在工具选择菜单中选择BLAST，在BLAST图形用户界面封装程序BLAST GUI Wrapper中选择双序列比对Two Sequence Files
2. 点击TBtools BLAST用户界面搜索序列文件选择框Set Query Seqs选择菜单，选择17AT_SPL.FAS
3. 点击TBtools BLAST用户界面目标序列文件选择框Set Subject Seqs选择菜单，选择19OJ_SPL.FAS
4. 在输出文件选择框中设定比对结果存放文件夹和文件名TBtool_Example\SBP\Out\SPL.txt
5. 在其它参数Other Parameter选择菜单中设置输出格式Outfmt为表格方式Table
6. 点击开始Start按钮，用Windows系统写字板程序WordPad查看比对结果，找出水稻中拟南芥SPL7_ARATH的直系同源基因 SPL.txt

结果分析

1. 与NCBI/CNCB BLAST2Seq比较，TBtools两组序列比对操作步骤有何特点