序列比对

参考文献

1. 双序列比对基础和应用实例 生物信息学 [PDF]
2. 实用生物信息技术课程教学实例 生物技术通报 [pdf]

基本概念

1. 序列相似性（Similarity）和序列同源性（Homology）
2. 直系同源（Ortholog）和旁系同源（Paralog）
3. 动态规划算法（Dynamic Programing）和启发式算法（Heuristic Programing）
4. 计分矩阵（Scoring Matrix）和空位罚分（Gap Penalty）
5. PAM (Point Accept Mutation) 计分矩阵和 BLOSUM (Block Substitution)计分矩阵
6. 全局比对（Global Alignment）和局部比对（Local Alignment）
7. 双序列比对（Pairwise Sequence Alignment）和多序列比对（Multiple Sequence Alignment）
8. 序列比对点阵图方法（Dot Plot）
9. 多序列比对序列图标（Sequence Logo）

常用网站

1. 中国国家生物信息中心生物信息分析平台 （BIT）
2. 欧洲生物信息学研究所双序列比对工具 PSA
3. 瑞士生物信息学研究所点阵图网站 Dotlet
4. 北京大学生物信息中心网上实验室 （WebLab）
5. 美国国家生物信息中心序列比对工具 Global Align

基于欧洲生物信息学软件包EMBOSS的Windows平台mEMBOSS安装

1. 下载安装32位Java程序： Java
2. 下载mEMBOSS软件包： mEMBOSS 在下载会话窗口中选择“保留”，在二次会话窗口“显示详细信息"下拉菜单中选择“仍然保留”，下载完成后即可安装

双序列比对简例

1. 人源血红蛋白 alpha亚基 和 beta亚基 全局比对
2. 拟南芥SBP转录因子 SPL3_ARATH 和 SPL14_ARATH 局部比对
3. 人源癌胚抗原家族 CEAM6_HUMAN 和 CEAM5_HUMAN BLAST2SEQ比对

点阵图比对简例

1. 人源血红蛋白 alpha亚基 和 beta亚基 DotMatcher点阵图
2. 河豚鱼多药耐药基因组序列片段 片段1 和 片段2 Dottup点阵图
3. 果蝇体节发育相关基因编码蛋白自身比对展示重复序列 SLIT_DROME 和 SLIT_DROME Dotlet点阵图
4. 河豚鱼多药耐药基因组序列片段 片段1 和 片段2 Dottup点阵图
5. 7个哺乳动物血红蛋白点阵图Polydot 7HBA

多序列比对简例

1. NCBI 多序列比对 COBALT
2. EBI多序列比对 T-Coffee

序列比对应用实例1：alpha血红蛋白及其编码区序列比对

1. 研究背景
2. 数据来源
3. 人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha亚基氨基酸序列比对
4. 人、小鼠、大鼠alpha珠蛋白编码区核苷酸序列比对
5. 结果和讨论

序列比对应用实例2：抗菌肽和蜘蛛毒素序列比对

1. 研究背景
2. 数据来源
3. 将默认计分矩阵BLOSUM62改为PAM250
4. 将起始空位罚分改为5
5. 结果和讨论

序列比对应用实例3：SBP家族转录因子序列比对

1. 研究背景
2. 数据来源
3. 拟南芥SPL3_ARATH和SPL14_ARATH序列全局比对
4. 拟南芥SPL3_ARATH和SPL14_ARATH序列局部比对
5. 结果和讨论

序列比对应用实例4：癌胚抗原CEA家族序列比对

1. 研究背景
2. 数据来源
3. 人的癌胚抗原CEAM6_HUMAN和CEAM5_HUMAN序列Water局部比对
4. 人的癌胚抗原CEAM6_HUMAN和CEAM5_HUMAN序列Blast2Seq局部比对
5. 结果和讨论