Applied Bioinformatics Course (ABC)
实用生物信息技术

2026-05-07更新

UniProt课堂练习3 - 转录因子


序列条目注释信息

  1. 阅读植物转录因子数据库PlantTFDB中SBP家族基本介绍 SBP Family Introduction 了解该转录因子家族SQUAMOSA promoter Binding Protein (SBP)名称来源、DNA结合结构域序列长度和特异保守位点等基本信息
  2. 利用UniProtKB高级检索功能,在下拉菜单蛋白质名称Protein name栏目中输入Squamosa, 在下拉菜单物质名称栏目Orgamism中输入拟南芥拉丁名Arabidopsis thaliana, 在下拉菜单审阅状况Reviewed中选择Yes, 点击搜索按钮,检索框显示以下信息:
    (protein_name:SQUAMOSA) AND (organism_id:3702) AND (reviewed:true)
    检索结果显示人工审阅的17个拟南芥SBP家族成员Squamosa promoter-binding-like protein (SPL)
  3. 按序列长度排序,找出最短和最长的序列
  4. 点击定制显示字段Customize column, 在弹出窗口中点击结构Structue, 选择三维结构3D.点击保存按钮Save, 查看哪些条目结构已经测定
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