实例1 — 癌胚抗原家族成员双序列比对

研究背景

1. 人的癌胚抗原家族成员CEA5中三个与CEA6恒定结构域A相似的区域
2. TBtools整合的BLAST双序列局部比对程序Blast2Seq用于寻找多个重复区域

参考文献和网站

1. 《生物信息学杂志》“双序列比对基础和应用实例” — 实例4
2. A predicted three-dimensional structure for the carcinoembryonic antigen (CEA) — CEAM5结构预测
3. 癌胚抗原CEA家族网站 — Human CEAs

数据来源

1. 从UniPro数据库下载 CEAM6_HUMAN 第145-232位第一个恒定结构域Ig-like C2-type1序列 CEA6C2
2. 从UniPro数据库下载 CEAM5_HUMAN 全长序列 CEA5

操作步骤

1. 打开TBtools，在工具选择菜单中选择BLAST，在BLAST图形用户界面封装程序BLAST GUI Wrapper中选择两组序列比对Two Sequence Sets
2. 将CEA6C2粘贴到TBtools左侧输入框，将CEA5粘贴到TBtools右侧输入框
3. 在TBtools输出文件选择框中输入结果存放文件夹和输出文件名D:\TBtool_Example\CEA\out\CEA.txt
4. 在输出格式Outfmt选择框选择成对比较Pairwise
5. 点击开始Start按钮，比对结果保存到输出文件夹CEA\out\中： CEA.txt

结果分析

1. CEAM6恒定结构域A与CEAM5哪几个结构域相似，与哪个结构域相似性最高
2. 与CNCB BLAST比较，TBtools的BLAST双序列比对操作过程有什么特点