课外练习7 - 蛋白质结构预测

• 1. 课题相关蛋白结构预测
• 1) 简述课题研究背景，包括相关物种中文、英文和拉丁文学名，相关蛋白质在UniProt数据库中登录号，查看该蛋白质的注释信息和相关文献。
• 2) 若该蛋白质结构已经测定，选择其中序列覆盖率最高、分辨率最高的一个，查看PDB数据库中注释信息，下载该结构PDB格式文件， 用Swiss-PdbViewer等结构分析软件进一步分析。
• 3) 若该蛋白质结构尚未测定，而模式生物等其它物种中其同源蛋白结构已测定，选择其中序列覆盖率最高、分辨率最高的一个， 查看PDB数据库中注释信息，下载该结构PDB格式文件，用Swiss-PdbViewer等结构分析软件进一步分析。
• 4) 若该蛋白及其同源蛋白结构均未测定，则可利用Swiss Model Database (SMR)中预测的结构进行分析。
• 5) 若该蛋白质尚未用SMR预测，则可进行预测。说明预测结果可为实验研究提供哪些参考信息。
• 6) 利用蛋白质预测网站PredictProtein预测课题相关蛋白，分析哪些位点保守，若发生突变对结构、功能影响较大。
• 2. Swiss-Model结构预测实例
• 1) 以癌胚抗原（CEAM6_HUMAN）恒定结构域B为例，说明利用Swiss-Model进行结构预测的基本步骤，对预测结果进行初步分析。
• 2) 以豌豆内膜蛋白（PPF1_PEA）为例，说明利用Swiss-Model进行结构预测的基本步骤，对预测结果进行初步分析。
• 3. 蛋白质结构预测基础
• 1) 阅读王吉龙文章和癌胚抗原结构预测文章(Bates et al, 1992)，说明同源模建的基本思路和主要步骤。
• 2) 阅读刘迎芳等文章(Liu et al, 2000), 说明结构预测对实验研究的参考意义。
• 3) 浏览国际蛋白质结构预测中心CASP，说明蛋白质结构预测常用方法。

参考文献

1. 王吉龙, 癌胚抗原CEA三维空间结构同源模建. 2007. (hyttp://abc.cbi.pku.edu.cn/reference/wang-jilong-cea.pdf).
2. Bates PA, Luo J, Sternberg MJ. A predicted three-dimensional structure for the carcinoembryonic antigen (CEA). FEBS Lett. 1992 Apr 20; 301(2):207-14.
3. Liu Y, Luo J, Xu C, et al. Purification, characterization, and molecular cloning of the gene of a seed-specific antimicrobial protein from pokeweed. Plant Physiol. 2000 Apr;122(4):1015-24.<、li>