课外练习3 - BLAST数据库搜索

• 1. 以人血红蛋白alpha亚基（HBA_HUMAN）为检测序列，搜索Swiss-Prot数据库，找出灵长目动物（Primates）中所有alpha珠蛋白（alpha globin）， 说明搜索策略，分析搜索结果。利用结果过滤（Filter Results）功能，找出黑猩猩（Chimpanzee）中同源蛋白，分析结果。 利用结果过滤（Filter Results）功能，找出相同位点高于95%的物种，用Excel电子表保存结果。
• 2. 以人血红蛋白alpha亚基（HBA_HUMAN）为检测序列，用BlastP搜索Swiss-Prot数据库， 设置种子序列字长（Word size）和计分矩阵（Scoring matrix），找出人珠蛋白家族12个成员，说明字长和计分矩阵对搜索结果的影响。
• 3. 以人血红蛋白alpha亚基（HBA_HUMAN）为检测序列，用位点特异迭代法PSI-Blast搜索Swiss-Prot数据库， 找出人珠蛋白家族12个成员，说明PSI-Blast的基本工作原理。
• 4. 以人血红蛋白alpha亚基（HBA_HUMAN）为检测序列，用DELTA-Blast搜索Swiss-Prot数据库，找出人珠蛋白家族12个成员。 说明DELTA-Blast的基本工作原理。
• 5. 以人血红蛋白alpha亚基（HBA_HUMAN）为检测序列，用tBlastN搜索RefSeq数据库中人珠蛋白家族mRNA序列，提取其编码区序列， 进行多序列比对，分析结果。
• 6. 以人血红蛋白alpha亚基（HBA_HUMAN）为检测序列，搜索RefSeq数据库中人、小鼠和大鼠三个物种珠蛋白家族mRNA序列，提取其编码区序列， 进行多序列比对，分析结果。
• 7. 以人癌胚抗原CEAM1_HUMAN的恒定结构域Ig-like C2-type 1（145-232）搜索Swiss-Prot中人的CEA家族成员， 分析搜索结果，说明最大分值（Max Score）和总体分值（Total Score）的含义。
• 8. 以人癌胚抗原CEA21_HUMAN的恒定结构域Ig-like C2-type （147-231）与CEAM5_HUMAN进行双序列比对，分析比对结果， 说明Blast与EMBOSS软件包中程序water运行结果的差别。
• 9. 以蛋白名“Squamosa Promoter-binding-like protein”检索UniProt数据库， 下载拟南芥SPL7转录因子和19个粳稻（分类学登录号39947）转录因子，利用Blast找出水稻中与拟南芥中SPL7_ARATH最可能的直系同源蛋白。
• 10. 下载玉米转录因子蛋白质序列和编码区核苷酸序列数据，构建本地BLAST数据库。以拟南芥转录因子SPL3蛋白质序列为检索序列， 用BlastP搜索玉米转录因子蛋白质序列，用tBlastN搜索玉米转录因子编码区序列并分析结果；以拟南芥转录因子SPL3编码区序列为检索序列， 用BlastN搜索玉米转录因子编码区序列，用BlastX搜索玉米转录因子蛋白质序列中相似序列并分析结果。

参考文献