运行模式

1. 浏览器模式
   • 欧洲生物信息学研究所EMBOSS工具 (EBI)
   • 国家生物信息中心序列分析平台 (BIT)
   • 北京大学生物信息中心网上实验室 (WebLab)
2. Windows系统本地运行模式：下载安装mEMBOSS软件包 mEMBOSS软件包下载

序列处理

1. 格式转换程序seqre
2. 序列提取程序coderet
3. 序列提取程序extractfeat
4. 序列变换程序
• 反向互补序列生成程序reveseq
• 随机序列生成程序shuffleseq
• 突变序列产生程序msbar
5. 序列显示程序
• infoseq
• showseq
• showfeat

核酸序列分析程序

1. 组分统计程序compseq
2. GC含量分析程序freak
3. 开放读码框分析程序
   • plotorf
   • showorf
   • getorf
   • sixpack
4. CpG岛识别程序cpgplot
5. CG双核苷酸统计程序cpgreport
6. 密码子出现频率统计程序cusp
7. 有效密码子统计程序chips
8. 串联重复序列查找程序etandem
9. 倒转重复序列查找程序palindrome

蛋白质序列分析程序

1. 氨基酸组分分析
   • 不同性质氨基酸含量分析程序pepstats
   • 不同氨基酸分布显示程序pepinfor
   • 不同氨基酸含统计程序wordcount
   • 不同氨基酸组分分析程序compseq
2. 序列特征位点识别
   • 抗原决定簇预测程序antigenic
   • 信号肽识别程序sigcleave
   • 酶切位点分析程序digest
   • 序列模体分析程序fuzzprot
3. 二级结构分析
   • 跨膜螺旋预测程序tmap
   • 跨膜螺旋拓扑结构显示程序topo
   • alpha螺旋轮显示程序pepwheel
   • 无规卷曲预测程序pepcoil
   • 螺旋回折螺旋预测程序helixturnhelix
   • 二级结构预测程序garnier

参考文献

1. 罗静初，EMBOSS 软件包序列分析程序应用实例，《生物信息学》，2021年，第19卷，第1期，第1-25页. (下载地址)
2. 罗静初，EMBOSS和EMBnet，《生物信息学》，2021年，第19卷，第4期，第223-231页. (下载地址）
3. 罗静初，双序列比对基础和应用实例，《生物信息学》，2023 年，第21卷，第1期，第1-19页. （下载地址）