BLAST 算法

基本概念

1. 简要说明双序列比对和数据库搜索的关系
2. 举例说明动态规划算法(Dynamic Programming)和启发式算法（Heuristic Programming）的优缺点
3. 用于DNA序列比对和数据库搜索的计分矩阵有哪两类
4. 用于蛋白质序列比对和数据库搜索的常用计分矩阵有哪两个系列
5. 简述BLOSUM62和PAM250两个计分矩阵的异同和适用场合
6. 简述起始空位罚分、延伸空位罚分、末端空位罚分的含义
7. 简述数据库搜索灵敏度和特异度的含义

基本策略

1. 简述种子串长度与灵敏度、特异度的关系
2. 如何确定近邻串
3. 简述索引法搜索高分对的基本思路
4. 简述新版BLAST延伸高分对的策略
5. 期望值E和哪些因素有关

主要参数

1. 蛋白质序列数据库搜索默认字长是多少，可选字长是多少;核酸序列数据库搜索默认字长是多少，可选字长是多少
2. 蛋白质序列数据库搜索默认计分矩阵是什么？可选计分矩阵包括哪些；核酸序列数据库搜索默认匹配/错配分值是多少，共有几种可选方式
3. 蛋白质序列数据库默认起始/延伸空位罚分是多少？核酸序列数据库搜索默起始/延伸空位罚分是多少
4. 期望阈值默认值为多少
5. 何谓低复杂度区域，为何要屏蔽低复杂度区域

通用程序

1. 简述位点特异迭代PSI-BLAST的运行方式和工作原理
2. 举例说明BlastN的主要用途
3. 举例说明BlastX的主要用途
4. 举例说明tBlastN的主要用途